ASAP is a code written in Python 3.x language. It incorporates various other programs to achieve its task. ASAP accepts AB1 chromatogram files in pairs (Forward & Reverse), reference sequence as ...

塩基配列中に改行が入ったFASTAファイルを2行単位のFASTAファイルに変換するシェルスクリプトです。Linux環境で動きます。 アセンブルしたデータやオンラインデータベースからダウンロードしたFASTAファイルは、配列中に改行が入っていることがしばしばです。

Uses Biopython library for efficient FASTA parsing. Filters sequences based on a list of desired headers in a txt file. Prints IDs of extracted sequences for verification. Writes extracted sequences ...

生物情報の解析をしていると、NCBIで検索した遺伝子群の配列（mRNAやタンパク質）を一括で取得したいと思う場面がよくあります。 特に、「Send to → File」機能で得られる gene_result.txt のようなタブ区切りファイルから、自動的に配列を収集できたら便利です ...