GFFファイルは少し複雑な構造をしていますが、このアノテーションを利用するとfastaファイルから任意の配列を抜き出すことができます。 ここでは、試しにAGI（Arabidopsis Genome Initiative）コードのリストを元に、CDSと，full length genomicと，3kb-upstreamの配列を ...

WZORZEC_NUMER = re.compile(r'([A-Z]{1,3}_?\d{4,9})(?:\.\d+)?') #Szuka identyfikatora 1–3 wielkie litery, opcjonalny podkreślnik, potem 4–9 cyfr, na końcu ...

生物情報の解析をしていると、NCBIで検索した遺伝子群の配列（mRNAやタンパク質）を一括で取得したいと思う場面がよくあります。 特に、「Send to → File」機能で得られる gene_result.txt のようなタブ区切りファイルから、自動的に配列を収集できたら便利です ...